與生化項目使用的微流控芯片相比，在臨床免疫分析項目的芯片相對較為簡單，加樣后通常通過微泵和閥門的配合，進行樣本混合、捕獲和檢測。毛細管道的相對表面積非常大，在抗體包被在表面后，可以更有效地捕獲低濃度抗原[11]。但是在檢測模塊上，免疫芯片的抗體標記方法眾多，與生化芯片相比，檢測方式也更加多樣；除了酶標記使用比色方法，可以根據標記方式分為直接檢測熒光、化學發光、生物發光等。
因為微流控使用的毛細管道可以大規模平行設計與制備，對檢測樣本的用量也較少，可以實現多項目平行檢測，尤其適合免疫項目的開展。由于便攜性好，很多感染[12]、心肌疾病[13]等急診項目都首先在基層單位或者臨床科室展開應用。國家食品藥品監督管理總局已經審批了中新科炬、萬孚生物、華邁興微等公司的一些心衰和心梗相關標志物的基于微流控的免疫檢測儀器和配套試劑。