1、上樣體積
若目標產物與配基的結合作用較強，上樣體積對親和色譜效果影響較小。若二者間結合力較弱，樣品濃度要高一些，上樣量不要超過色譜柱載量的5%~10%。（這個載量是指色譜柱所吸附的配體的量）
2、柱長
親和柱的長度需要根據親和介質的性質確定。如果親和介質的載量高，與目標產物（目標物）的作用力強，可以選擇較短的珠子（柱子）；相反，則應該增加柱子的長度，保證目標產物與親和介質有充分的作用時間。
3、流速
親和吸附時目標產物與配基之間達到結合反應平衡需要一個緩慢的過程。因此，樣品上柱的流速應盡量的慢，保證目標產物與配基之間有充分的時間結合，尤其是二者間結合力弱和樣品濃度過高時。
4、溫度
溫度效應在親和色譜中比較重要，親和介質的吸附能力受溫度影響，可以利用不同的溫度進行吸附和洗脫。一般情況下親和介質的吸附能力隨溫度的升高而下降，因此在上樣時可選擇較低的溫度，使待分離物質與配基有較大的親和力，充分地結合；而在洗脫時刻采用較高的溫度，使待分離物質與配基的親和力下降，便于待分離物質從配基上脫落。例如，一般選擇在4℃進行吸附，25℃下進行解吸。