雖然小兒癲癇的病因十分復雜，但隨著醫學科技的快速發展，大部分病因已被人們明確認識，總體講從病因學上可將癲癇分作兩大類：
1.原發性的癲癇
這一類癲癇占癲癇患者總數20%，沒有找到致病原因，大多與遺傳有關，因此也稱作隱源性癲癇或遺傳性癲癇。
2.繼發性的癲癇或癥狀性的癲癇
（1）先天腦發育畸形如無腦回畸形、巨腦回畸形、多小腦回畸形、灰質異位癥、腦穿通畸形、先天性腦積水、肼胝體發育不全、蛛網膜囊腫、頭小畸形、巨腦癥等。癲癇發作在一歲以內，形式多樣，早期以嬰兒痙攣為主。
（2）神經皮膚綜合征最常見的有結節性硬化、神經纖維瘤病和腦三叉血管瘤病等。
（3）遺傳代謝病如苯丙酮尿癥、高氨血癥、腦脂質沉積癥、維生素B6依賴癥等。
（4）圍產期腦損傷主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧缺血性腦病，其中以缺氧缺血性腦病而致癲癇者最常見。
（5）顱內感染如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、霉菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種后腦炎等。
（6）營養代謝障礙及內分泌疾病常見有的低血糖、低血鈣、低血鎂、維生素B6缺乏，甲狀腺功能低下。
（7）腦血管病如腦血管畸形、顱內出血、腦血管炎等。
（8）外傷由外傷而致的顱內出血、顱骨骨折、腦挫裂傷等均可引起癲癇，但發病率與損傷程度及部位有關。
（9）復雜型高熱驚厥后腦損傷也導致癲癇。
（10）腦腫瘤如神經膠質瘤、星形細胞瘤等，位于頂、額、顳葉區的腫瘤常引起癲癇。
（11）腦變性病腦黃斑變性、多發性硬化、亞急性硬化性全腦炎。
（12）中毒性腦病藥物中毒；食物中毒、一氧化碳（CO）中毒、有機磷中毒、重金屬中毒（汞、鉛、砷）等。