在新版的《中國乙型肝炎防治指南》中，“小三陽”的規范醫學名稱有兩個：非活動性HBsAg攜帶者和HBeAg陰性慢性乙型肝炎，前者病毒陰性（即HBV DNA低于檢測下限），血清HBsAg陽性，HBeAg陰性，抗HBe陽性或陰性，1年內連續隨訪3次以上，ALT均在正常范圍。后者血清HBsAg陽性，HBeAg持續陰性，抗HBe陽性或陰性，但HBV DNA陽性，ALT持續或反復異常，或肝組織學檢查有肝炎病變。同為“小三陽”，為什么會出現以上兩種情況，這要從乙型肝炎病毒的結構、復制、變異及其在體內的自然史說起，以下就從各方面加以說明。
HBV DNA是一個小環形雙鏈DNA，雙鏈的長度不同，長的為負鏈，短的為正鏈。病毒復制時，先以負鏈為模板，正鏈延長與負鏈匹配等長后形成閉合環狀DNA（CCC DNA），再以CCC DNA為模板轉錄前基因組RNA，轉錄成的mRNA長度不同分別作為前基因組RNA和編碼HBV的各種抗原。CCC DNA半衰期較長，很難從體內徹底清除。HBV基因組包含C、P、S、X4個開放讀碼框，分別編碼HBcAg、DNA聚合酶、HBsAg和X蛋白。HBV DNA C基因區分前C（Pre-C）區和C區。前C區位于1814～1901核苷酸，由87個核苷酸組成，編碼一段29個氨基酸組成的多肽，叫前C蛋白；C區位于1901～2450核苷酸，由549個核苷酸組成，編碼183個氨基酸組成的C蛋白，又稱乙型肝炎病毒核心抗原（hepatitis B core antigen，HBcAg）；而由前-C和C蛋白基因共同編碼的212個氨基酸組成的多肽稱為乙型肝炎病毒e抗原（hepatitis B e antigen，HBeAg）。