氣質聯用儀﹙GC-MS﹚是最早商品化的聯用儀器，適宜分析小分子、易揮發、熱穩定、能氣化的化合物；
用電子轟擊方式（EI）得到的譜圖，可與標準譜庫對比。
液質聯用﹙LC-MS﹚主要可解決如下幾方面的問題：不揮發性化合物分析測定；
極性化合物的分析測定；熱不穩定化合物的分析測定；
大分子量化合物（包括蛋白、多肽、多聚物等）的分析測定；
沒有商品化的譜庫可對比查詢，只能自己建庫或自己解析譜圖。
