有機質譜儀作為一種可以有效提供有機化合物分子量及分子結構信息的分析儀器已被廣泛應用于有機合成、藥物分析、生命科學、食品安全、環境分析及公共安全等諸多領域根據用途不同，質譜儀可以分為:生物有機質譜儀、無機質譜儀、同位素質譜儀等。根據質量分析器種類，質譜儀可以分為:雙聚焦質譜儀、四極桿質譜儀、離子阱質譜儀、飛行時間質譜儀、磁回旋共振質譜儀、離子阱軌道阱質譜儀等。不論何種質譜儀，它們都由相似的結構組成。
有機質譜儀主要由七部分組成:進樣系統、離子源、離子引導（離子傳輸）系統、質量分析器、離子檢測器、顯示控制系統及真空系統（圖1）。待測樣品通過進樣系統進入離子源，使樣品中待測分子離子化，樣品離子通過離子引導系統進入質量分析器，利用電場磁場使不同質荷比的離子在空間上或時間上分離，或是通過過濾的方式，將它們分別聚焦到檢測器而得到質譜圖。為保障樣品離子的有效檢測和儀器的正常工作，離子傳輸系統、質量分析器和離子檢測器都需在真空系統中，而部分離子源也需要在真空系統中工作，如電子轟擊離子源（EI）、基質輔助激光解吸離子源（MALDI）等。質譜儀的運行和檢測結果的處理，顯示通過顯示控制系統完成。
圖1質譜儀結構框架圖