一、感染
以病毒感染最多見,包括甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、巨細胞病毒、風疹病毒、埃可病毒、腺病毒、水痘病毒和EB病毒等。在我國,以巨細胞病毒（CMV）感染引起者較多見,約占本綜合征的40%-80%。
二、遺傳性代謝缺陷
1.糖代謝障礙 如半乳糖血癥、遺傳性果糖不耐癥、糖原累積病Ⅳ型等。
2.氨基酸代謝障礙 如酪氨酸血癥等。
3.脂類代謝障礙 如尼曼-匹克病、高雪病、二羥酸尿癥等。
4.其他代謝障礙 如膽酸代謝異常、遺傳性血色病和α1抗胰蛋白酶缺乏癥等。
三、肝內膽管及間質發育障礙
如肝內膽管缺加入膽管發育不良、膽管囊性擴張、肝纖維化等。
四、其他
如朗漢（Langhans）細胞性組織細胞增多癥、化學物和藥物中毒等。國內外資料表明,至今仍有不少病人的病因不明,有待進一步尋找。