多西環素可沉積在牙齒和骨骼中，致牙齒產生不同程度的變色黃染、牙釉質發育不良及齲齒，并可致骨發育不良。
肝臟損害：大劑量服用多西環素可引起肝臟損害，通常為肝脂肪變性。原有肝功能不全者、妊娠后期婦女更易發生。[2]
胃腸道：厭食、惡心、嘔吐、腹瀉、舌炎、吞咽困難、小腸結腸炎以及肛門和生殖器的炎性損傷（念珠菌過度生長）。口服或注射給藥的四環素類藥物都會導致該類反應的發生。
皮膚：斑疹、斑丘疹、紅斑。偶見剝脫性皮炎。光敏性皮炎。
腎毒性：BUN的升高已有報道，并有明顯的劑量依賴性。
超敏反應：風疹、血管神經性水腫、過敏反應、過敏性紫癜、心包炎和紅斑狼瘡癥狀加重。
嬰兒囟門突出和成人良性顱內高壓的現象已有報道。這種反應在停藥后會很快消失。
血液：溶血性貧血、血小板減少癥、中性白細胞減少癥已見報道。[3]
長期用藥可使人體內正常菌群減少，導致維生素缺乏、真菌繁殖、出現口干、咽痛、口角炎、舌炎、舌苔色暗或變色等癥狀。