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  • 發布時間:2020-08-10 20:03 原文鏈接: 外顯子捕獲與擴增(二)

    材料


    緩沖液與溶液

    按合適比例稀釋貯存液。


    無二價陽離子的磷酸緩沖液(PBS)


    酶及緩沖液


    胰酶-EDTA 溶液


    核酸與寡核苷酸


    DNA

    用于轉染的質粒 DNA 制備見本方案階段 1, 步驟 10~12。


    用作對照的質粒載體(步驟 3)


    培養基


    含 10% 熱滅活胎牛血清的 Dulbecco's modified Eagle's 培養基(DMEM)


    離心轉頭


    Sorvall H1000B 轉頭或等同規格轉頭


    專用設備


    電穿孔轉染設備以及 0.4 cm 寬的電轉染槽


    組織培養平皿(100 mm)


    寬口加樣器頭


    細胞與組織


    COS-7 細胞

    細胞須在含 10% 熱滅活胎牛血清的 DMEM 培養至 75%—85% 致密。關于細胞的處理細節,包括胰酶消化,見 Spector 等(1998b)。


    方法


    1. 用無二價陽離子的 PBS 洗滌單層 C0S-7 細胞。通過胰酶-EDTA 處理將細胞從平皿表面消化下來。4°C、250 g(Sorvall H1000B 轉頭上相當于 1100r/min) 離心 10 min 回收細胞。

    重要:在整個過程中須保持 COS-7 細胞處于預冷狀態。

    關于細胞胰酶消化細節見 Spector 等(1998b)


    2. 將用于轉染的 DNA 樣品溶于無二價陽離子的 PBS 并調整至 100ul。

    轉染所需的 DNA 量應按第 16 章,方案 5 進行優化,


    3. 用 700ul 無二價陽離子的 PBS 重懸 4X106COS-7 細胞。在預冷的電轉染槽中混合細胞與 DNA(槽內寬 0.4 cm)。將混合物放置冰上 10 min。

    PBS 體系中如含二價陽離子,將導致電轉染時產生電弧,可破壞電穿孔僅。

    確保應用空載體 DNA 進行電轉化,作為實驗對照。


    4. 小心重懸細胞,按 1.2kV(3kV/cm) 和 25uF 進行電穿孔轉染實驗。迅速將電轉槽重置于冰上,并放置 10 min。

    電穿孔轉染條件按第 16 章,方案 5 描述的方法進行優化。


    5. 用寬口加樣器頭將 1x106 的電轉染后的細咆轉入 100 mm 的組織培養平皿中,每個平皿已加入 10 ml 預熱至 37°C 的含 10% 熱滅活胎牛血清的 DMEM 培養基。在設定 37°C、5%~7%CO2 及一定濕度的培養箱中培養 48~72 h。


    階段 3:mRNA 的提取


    材料


    緩沖液與溶液

    按合適比例稀釋貯存液。


    DEPC 處理水


    乙醇


    NaCl(5mol/L)



    酚:氯仿


    無二價陽離子的磷酸緩沖液(PBS)


    SDS(5%m/V)


    TMK 緩沖液

    10 mmol/LTris-HCl(pH7.5)

    10 mmol/LKCl

    1 mmol/LMgCl2

    Triton X-100(10%V/V) 或 Nonidet P-40(4%,V/V)


    離心轉頭


    Sorvall H1000B 轉頭或等同規格轉頭


    專用設備


    細胞刮子或橡膠刮


    聚苯乙烯離心管(15 ml), 冰上預冷至 0°C


    細胞與組織


    分別經重組 pSPL3 和非重組 pSPL3 轉染的 COS-7 細胞


    方法


    1. 用冰預冷的不含鈣、鎂離子的 PBS 洗滌平皿中的轉染 COS-7 細胞三次。洗滌過程中將平皿保持在冰上。


    2. 每個平皿中加入 10 ml 預冷的 PBS。保持平皿在冰上,小心的將細胞刮除下來。


    3. 將細胞懸液轉入預冷的 15 ml 聚苯乙烯離心管中。

    使用透明的聚苯乙烯離心管,有利于步驟 8、9 中不含細胞核的胞漿的回收。


    4.4°C、300 g(Sorvall H1000B 轉頭上相當于 1200r/min) 離心 8 min 回收細胞。


    5. 盡可能傾去上清,并用加樣器除去殘存的上清。


    6. 在 300ulTFK 緩沖液中重懸 1X106 至 2x106 的 COS 細胞,冰上放置 5 min。


    7. 加入 15ul 的 10% 的 Triton X-100 或 4% 的 Nonidet P-40, 冰上放置 5 min。

    加入非離子去污劑可導致質膜的輕微破解而核膜保持完整。


    8.4°C、500 g(Sorvall H1000B 轉頭上相當于 1500r/min) 離心 5 min 沉淀細胞核。


    9. 將上清移入預冷的 1.5 ml 小離心管中。

    重要:移取上淸時應異常小心,切不可觸及細胞核沉淀。如核膜破裂會導致基因組 DNA 污染,樣品將非常黏期而難以吸取。


    10. 加入 20ul 的 5%SDS 和 300ul 的酚,劇烈振蕩后最大速度離心 5 min,樣品將分為有機相和水相。


    11. 將水相移入含 300ul 酚: 氯仿的 1.5 ml 小離心管中,劇烈振蕩后室溫最大速度離心 3 min 進行分相。


    12. 移取上層的水相至預冷的 1.5 ml 小離心管中,加入 120 的 5mol/LNaCl 和 750ul 的乙醇。-20°C 放置 2~3 h 或-80°C 放置 30 min 以沉淀 RNA。

    核酸在乙醇中比在水中更穩定。如長期保存,RNA 應置于乙醇中-80°C 凍存(見第 7 章,方案 1 結尾部分的專欄“RNA 的保存")。


    13.4°C、最大速度離心 10 min 回收 RNA。


    14. 棄上清并用 70% 乙醇洗滌沉淀。空氣干燥后,將沉淀重懸于 20 g 的 DEPC 處理水中。


    階段 4: 反轉錄 PCR


    材料


    緩沖液與溶液

    按合適比例稀釋貯存液


    10x 擴增緩沖液


    氯仿


    DEPC 處理水


    DTT(lmol/L)


    dNTP 溶液,每種核苷酸濃度為 1.25 mmol/L



    RNase 抑制劑


    酶及緩沖液


    Bst XI


    EcoR V


    Mo-MLV 反轉錄酶


    Taq DNA 聚合酶


    DNA 尿嘧啶糖基酶(1 單位/ul)




    人体艺术视频