根據報告基因在載體中的位置及報告基因激活表達的方式，基因捕獲分為3種類型。
增強子捕獲載體
基因捕獲
含有一個最小的啟動子和翻譯起始位點,當載體整合到順式增強子元件附近時,此增強子將調控報告基因的表達 。對報告基因在體內表達的ES 細胞系插入位點進行克隆鑒定發現插入位置鄰近編碼序列。關于增強子捕獲的誘變比率還未見報道,但插入的性質預示由增強子捕獲產生功能失活的突變比率較低,因此,增強子捕獲載體在小鼠體系中未得到廣泛應用。
啟動子捕獲載體
通常由不含啟動子成分的報告基因和一篩選標記基因組成,只有當載體插入到內源基因編碼區序列中產生融合轉錄本時報告基因才可能表達 。因而啟動子捕獲的致突變比率很高。然而載體插入到外顯子的頻率非常低,捕獲效率較增強子捕獲至少低200倍。故載體中通常含有一個篩選標記基因,如新霉素抗性基因( neo) 或β-半乳糖苷酶(galactosidase) 與neo 的融合基因(β-GEO) ,保證載體插入的細胞克隆被篩選保留。由于插入發生在DNA 轉錄區,克隆插入位點就可確定突變基因。
基因捕獲載體
中在無啟動子序列的報告基因上游和下游分別含有剪接受體( splice acceptor ,SA) 和多聚腺苷酸加尾序列(polyA) ,當含有順式作用的啟動子和增強子元件被捕獲基因轉錄激活時,載體中SA 與內源基因剪接供體( splice donor ,SD) 作用產生上游內源基因編碼序列與報告基因融合轉錄本,使內源基因發生突變,同時報告基因的表達提示內源基因的表達特點。融合轉錄產物可作為克隆突變基因序列的模板。由于插入發生在內含子中,基因捕獲的效率較啟動子捕獲至少提高50 倍。然而選擇性剪接(alternative splicing) 的發生會導致低水平的野生型轉錄本產生而形成減效等位基因突變 。