醫院污水的性質指醫院產生的含有病原體、重金屬、消毒劑、有機溶劑、酸、堿以及放射性等的污水。醫院產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照醫院污水來源及成分復雜，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化學污染物和放射性污染等，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫病擴散的重要途徑和嚴重污染環境。
1）醫院污水受到糞便、傳染性細菌和病毒等病原性微生物污染，具有傳染性，可以誘發疾病或造成傷害；
2）醫院污水中含有酸、堿、懸浮固體、BOD、COD和動植物油等有毒、有害物質；
3）牙科治療、洗印和化驗等過程產生污水含有重金屬、消毒劑、有機溶劑等，部分具有致癌、致畸或致突變性，危害人體健康并對環境有長遠影響；
4）同位素治療和診斷產生放射性污水。放射性同位素在衰變過程中產生a-、β-和γ-放射性，在人體內積累而危害人體健康。
醫院廢水處理原則
1）全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2）減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。
3）就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4）分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5）達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
6）生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。