植物病毒俗稱植物上的癌癥,其流行和爆發嚴重威脅著糧食生產和人類食品安全。據不完全統計,全世界每年因植物病毒病造成的農業損失占糧食作物總產量10%。傳統的植物病毒檢測方法包括血清學檢測、電子顯微鏡觀察、指示植物接種、通過PCR或RT-PCR進行的DNA擴增、芯片雜交等,使用這些方法的一個重要前提是對植物病毒的基因組特性、血清學特性、生物學特性、理化特性等有預先的了解;而對于未知病毒的檢測,這些方法就顯得束手無策。
RNA沉默是一種廣泛存在于植物體內的防御機制,當植物病毒入侵植物的時候,植物體內會針對入侵病毒產生大量的特異小RNA分子,可以抑制病毒的進一步危害。由于這些小RNA分子與入侵病毒是相匹配的,因此,如果能獲得這些特異小RNA分子序列,就可以鑒定出入侵病毒種類。
基于植物RNA沉默原理,北京檢驗檢疫局結合承擔的質檢公益性行業科研專項“應用siRNA深度大規模測序技術篩查檢疫性植物病毒方法研究”(編號:201310068)研究,在國內口岸率先開展了應用小RNA深度測序技術檢疫鑒定植物病毒的研究,該課題利用最新的高通量測序儀器,以我國重要檢疫性植物病毒作為研究對象,深入地研究了一些重要檢疫性植物病毒入侵機制,解決了深度測序技術檢測植物病毒流程中的一些關鍵性難題,建立了應用小RNA深度測序技術檢疫鑒定植物病毒方法,具有高靈敏度,檢測未知病毒速度快的優點,并且建立了口岸應用小RNA深度測序技術檢疫鑒定植物病毒操作規范。
課題組應用研究成果在國際上報道了4種新的植物病毒,暫命名為玉米黃花葉病毒、玉米相關的形影病毒、玉米相關的整體病毒和山核桃花葉相關病毒;在國內首次發現了留尼旺玉米線條病毒云南分離物、葡萄灰皮諾病毒、葡萄砧木莖病變伴隨病毒3種植物病毒。北京局首次將小RNA高通量測序技術應用于出入境植物繁殖材料的檢疫,從進境的荷蘭郁金香種球中檢出檢疫性植物病毒-南芥菜花葉病毒,從來源于美國、泰國的瓠瓜中檢出檢疫性植物病毒-黃瓜綠斑駁病毒;另外,還在從國外入境的植物材料中檢出了我國沒有分布的4種植物病毒:甘薯彈狀病毒A、甘薯彈狀病毒B、大麗花潛隱類病毒和大麗花矮縮病毒。
小RNA深度測序技術以其快速和靈敏的檢測特點成為植物病毒學研究的強有力工具,尤其是對于未知病毒和非目標病毒的檢測,是以往的檢測方法所不可替代的。雖然現在該方法在實際應用過程中存在儀器成本偏高,要求技術水平高的問題,但是,隨著科學研究的逐步深入,這些問題會迎刃而解,該技術也將會取代其他的檢測技術而廣泛的應用于口岸、大學和科研部門的病原微生物檢測和研究中。
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