主要致病菌為乙型溶血性鏈球菌,葡萄球菌,肺炎雙球菌、流感嗜血桿菌等。腺病毒也可引起本病。細菌和病毒混合感染也不少見。細菌可能是外界侵入的,亦可能系隱藏于扁桃體隱窩內的細菌,當機體抵抗力因受涼,勞累,體質虛弱,煙酒過度,有害氣體刺激等因素降低時,細菌繁殖加強可致化膿性扁桃體炎。有時則為急性傳染病的前驅癥狀,如麻疹及猩紅熱等。