4、超聲破碎的條件選擇
超聲破碎的條件不能一概而論，要看你的實驗要求，有的是細菌破碎，有的是對組織細胞進行破碎，要掌握好功率和每次超聲時間，功率大時，每次超聲時間可縮短，不能讓溫度升高，必要時在冰浴條件下進行超聲破碎。至于每次超聲時是否起泡沫到不是關鍵的問題，這與你超聲的量明顯有關。
5、如何鑒定細菌超聲破碎的程度
最簡單的方法：涂片--革蘭氏結晶紫溶液染色0.5分鐘---顯微鏡觀察
切記：只用結晶紫染色，別忘了染色后再用水稍沖洗一下
6、細菌裂解的DNaseI
不同純度的酶換算標準不同，所以你最好查查是哪個公司的酶？仔細看說明書，可能會有換算說明。
另外看一下參考文獻所用的酶是哪個公司的，到該公司的主頁也可能有收獲。
我用過華美和TAKARA的DNA酶，華美的是用mg/ml。華美也有RNase free的DNA酶，定量用活性單位。TAKARA的兩種酶都是用活性單位定量的。
我在超聲裂解細菌時加入一些DNA酶，一般用超聲液加不同量的酶做一個預實驗，選取符合你需要的酶量。
其實根據目的和方法的不同，所需要的酶量也是可調節的，比如酶切溫度（16度或37度）。
7、超聲裂解細菌是否完全？
最簡單的方法：涂片--革蘭氏結晶紫溶液染色0.5分鐘---顯微鏡觀察
切記：只用結晶紫染色
二、包涵體的洗滌
1、包涵體的洗滌問題
通常的洗滌方法一般是洗不干凈的，我以前是這么做的，先把包涵體用6M鹽酸胍溶解充分，過濾除去未溶解的物質，注意留樣跑電泳，然后用水稀釋到4M,離心把沉淀和上清分別跑電泳，如此類推可以一直稀釋到合適的濃度，你可以找到一個合適去除雜質的辦法，其實這就是梯度沉淀的方法，我覺得比通常的直接洗脫效果好。
包涵體一般難溶解，所以你要注意未溶解的部分，你可以跑電泳對比，因為有時候難溶解的就是你的目標蛋白，所以每次處理都要把上清和沉淀跑電泳對比，免得把目標蛋白弄丟了。
此外剛處理完的包涵體好溶解。冷凍后難溶解，溶解也需要長點時間，也需要大量的溶劑。如果說是不少不溶解的不是你要的，那就不用管了。
2、如何得到比較純的包涵體
對于包涵體的純化，包涵體的前處理是很重要的。
包涵體中主要含有重組蛋白,但也含有一些細菌成分,如一些外膜蛋白、質粒ＤＮＡ和其它雜質。洗滌常用1%以下的中性去垢劑，如Tween、Triton、Lubel和 NP40等加EDTA和還原劑2-巰基蘇糖醇（DTT）、β-巰基乙醇等反復多次進行，因去垢劑洗滌能力隨溶液離子強度升高而加強，在洗滌包涵體時可加50 mM NaCL。這樣提取的包涵體純度至少可達50%以上，而且可保持元結構。也可用低濃度的鹽酸胍或尿素/中性去垢劑/EDTA/還原劑等洗去包涵體表面吸附的大部分不溶性雜蛋白。洗滌液pH以與工程菌生理條件相近為宜，使用的還原劑為0.1-5mM。EDTA為0.1-0.3 mM。去垢劑如Triton X-100、脫氧膽酸鹽和低濃度的變性劑如尿素充分洗滌去除雜質,這一步很重要,因為大腸桿菌外膜蛋白Omp T(37 KDa)在4-8mol/L尿素中具有蛋白水解酶活性,在包涵體的溶解和復性過程中可導致重組蛋白質的降解。
對于尿素和鹽酸胍的選擇：
尿素和鹽酸胍屬中強度變性劑，易經透析和超濾除去。它們對包涵體氫鍵有較強的可逆性變性作用，所需濃度尿素8-10M，鹽酸胍6-8M。尿素溶解包涵體較鹽酸胍慢而弱，溶解度為70-90%，尿素在作用時間較長或溫度較高時會裂解形成氰酸鹽，對重組蛋白質的氨基進行共價修飾，但用尿素溶解具有不電離，呈中性，成本低，蛋白質復性后除去不會造成大量蛋白質沉淀以及溶解的包涵體可選用多種色譜法純化等優點，故目前已被廣泛采用。
鹽酸胍溶解能力達95%以上，且溶解作用快而不造成重組蛋白質的共價修飾。但它也有成本高、在酸性條件下易產生沉淀、復性后除去可能造成大量蛋白質沉淀和對蛋白質離子交換色譜有干擾等缺點。
包涵體最后的純化，一般是離子交換，疏水，或者是親和層析，親和層析尤其是金屬螯合層析用得比較廣泛，而純化的效果也不錯，通常是一步就能達到純度為95%以上的包涵體。
8M高濃度尿素溶解后離心獲得的包涵體溶解液，放在4度冰箱過夜后出現沉淀，這種現象我也在實驗中遇到過;開始感覺很奇怪，后來發現是我們的冰箱的溫控出了問題實驗際溫度要比設定溫度低至少4度（呵呵，不好意思！）。不過我接著往下進行SDS-PAGE、層析等發現沒有什么不良影響。所以，你不用擔心也許你的蛋白也只是和你開了個玩笑呢！
三、關于包涵體的溶解：
1、 請教GST包涵體溶解
直接用8M的脲或 6M胍融解，取上清，測濃度。直接稀釋后包被檢測相應抗體。（由于快速稀釋相當于復性過程，產物用于檢測沒有問題的）
我所用的包涵體提取方法：
1．PBS或生理鹽水洗滌誘導后菌體，Buffer A重懸菌體，超聲波破碎至清亮