蛋白質肽鏈上各殘基側鏈對溶劑的相對親水性是一個重要的特征參量。
超二級結構中各殘基對溶劑的相對親水性或疏水性的性質是超二級結構的一個重要結構特征。
在天然狀態，構成蛋白質的疏水氨基酸殘基多數是處在分子的內部，形成疏水內核，從而維系蛋白質的緊密三維結構。對于超二級結構這一局域空間結構的疏水特性的形成，疏水性的變化規律等都是有待解決的問題。超二級結構中疏水特性的揭示和了解，對蛋白質肽鏈的折疊規律的認識和預測有一定價值。國際上一些生物學家，近年來對這一工作開展了研究，并有文獻報道。
首先，運用T．J．Richmond和F．M．Richards在1978年提出的方法對超二級結構中每一殘基側鏈對溶劑的親水性進行計算。然后根據Hubbard和Blundell（1987）給出的判據進行判斷。該判據是國際上比較通用的一種判據。如果殘基側鏈對溶劑相對接觸面積小于7%，那么該殘基被稱為疏水性的，在疏水性模式中用“i”表示；如果殘基側鏈對溶劑相對接觸面積大于7%，則稱該殘基為溶劑親水性的，在疏水性模式中用“o”表示示。疏水性上限值的確定是因為當氨基酸相對溶劑接觸面積小于7%時，則親水性質類同，幾乎不變化。這樣便計算出各類型超二級結構單元疏水性模式。從中可以得到超二級結構這一段肽鏈上每個殘基疏水性和構象的關系，以及構象和氨基酸序列模式的關系。