黃曲霉毒素是很強的致癌物，肝癌與食品中黃曲霉毒素含量高有直接關系。黃曲霉具有55個次級代謝基因簇，能調控產生豐富的次級代謝物，如黃曲霉毒素、環匹阿尼酸等真菌毒素。黃曲霉毒素是主要由黃曲霉（aspergillus flavus）、寄生曲霉（a．parasiticus）產生的次生代謝產物。黃曲霉毒素（Aflatoxins）是一組化學結構類似的化合物，其基本結構為二呋喃環和香豆素（氧雜萘鄰酮），前者為基本毒性結構，后者與致癌有關。發現的黃曲霉毒素有20余種，主要包括B1、B2、G1、G2、M1、M2等。黃曲霉毒素B1是迄今為止發現的毒性、致癌性最強的化學物質，被聯合國確定為Ⅰ類致癌物 [2] 。已確定黃曲霉毒素結構的有AFB1、AFB2、AFM1等18種，它們的基本結構中都含有二呋喃環和氧雜萘鄰酮（又名香豆素），前者為其毒性結構，后者可能與其致癌性有關。
根據在紫外線照射下發出的熒光顏色的差異，將黃曲霉毒素分為兩類：一類是發出藍色熒光的B類，包括B1、B2、B2a；另一類為發出綠色熒光的G類，包括G1、G2、G2a等。構象關系研究發現，黃曲霉毒素中二呋喃環末端有雙鍵者毒性較強，并具有致癌性。比如黃曲霉毒素B類的毒性和致癌性最強，在天然污染的食品中也最常見，所以在食品檢測中通常以黃曲霉毒素B1作為污染指標。