對腸阿米巴病診斷可應用結腸鏡，尤其是對那些顯微鏡檢查、血清學、PCR檢查均未獲陽性結果的臨床高度懷疑的病例，可行結腸鏡檢，并活檢或吸取分泌物，可行一般固定染色涂片、切片，但并不敏感，可行單克隆或多克隆抗體免疫組織化學或免疫熒光試驗，可大大提高敏感性，也可提純DNA，行PCR分析診斷。對腸外阿米巴病，例如肝膿腫可應用超聲波檢查、計算機斷層掃描（CT），結合血清學、DNA擴增分析等作出診斷。肝膿腫可在超聲波監測下穿刺減壓、治療。但是肝膿腫在治療后6月至1年超聲檢查方可正常。肺部則以X線檢測為主。總之，影像診斷應結合實驗室顯微鏡、血清學、DNA擴增和臨床癥狀，作出早期、準確的診斷，及時治療病人。