1.化膿性腮腺炎
根據臨床表現及體征（腮腺局部紅腫熱痛，擠壓腮腺時腮腺口有膿液流出，發病通常單側，）。血常規白細胞總數增加，中性粒細胞比例明顯上升，核左移，臨床診斷不難。取腮腺導管流出的膿液進行細菌培養可以明確診斷。
2.流行性腮腺炎
根據流行情況及患者接觸史，發熱、以耳垂為中心的腮腺腫大，局部皮膚發熱、緊張發亮但皮膚不紅，通常可累及對側腮腺，張口咀嚼及進食酸性飲食時疼痛加劇，可累及其他涎液腺、胰腺、睪丸或中樞神經系統等器官。查血常規白細胞數正常及減低（伴睪丸炎者白細胞計數可增高），血尿淀粉酶增高，可作出臨床診斷。特異性腮腺炎病毒抗體IgM陽性（1個月內未注射疫苗），恢復期與急性期腮腺炎病毒抗體IgG≥4倍以上增高（含抗體陽轉）可以確診。
需與其他自身免疫性腮腺炎、慢性非特異性腮腺炎、癥狀性腮腺炎、過敏性腮腺炎等相鑒別，一般伴有相應的臨床表現，多為雙側，一般不伴急性感染癥狀，局部也無明顯疼痛和壓痛。