必須首先排除器質性疾病，尤其是胃腸道的惡性病變。除外結腸癌、炎癥性腸病、憩室炎、痢疾等。
有持續腹痛伴體重減輕者應作全消化道鋇餐攝片除外克羅恩病，餐后持續上腹痛者作膽囊超聲，懷疑胰腺疾患時作腹部CT及淀粉酶測定，懷疑乳糖酶缺乏癥時應作乳糖耐量試驗；小腸黏膜活檢除外小腸黏膜疾病；結腸黏膜活檢除外結腸炎。神經性嘔吐須與慢性胃病、妊娠嘔吐、尿毒癥等鑒別，還應除外顱內占位性病變。神經性厭食須與胃癌、早期妊娠反應、垂體或腎上腺皮質功能減退鑒別。
