腸結核是結核分枝桿菌（TMB）引起的腸道慢性特異性感染。主要由人型結核分枝桿菌引起。少數地區有因飲用未經消毒的帶菌牛奶或乳制品而發生牛型結核分枝桿菌腸結核。本病一般見于中青年人，女性稍多于男性。
90%以上腸結核由人型結核桿菌引起，此外，飲用未經嚴格消毒的乳制品可因牛型結核桿菌而致病，腸結核感染可經口、血行播散和鄰近器官結核的波及所致。結核病的發病是人體和結核菌相互作用的結果，經上述途徑獲得感染僅是致病的條件，只有當入侵的結核菌數量較多，毒力較大，并有人體免疫功能異常、腸功能紊亂引起局部抵抗力削弱時，才會發病。