肛門直腸淋病初期急性發作時，黏膜充血、水腫，常有臭味膿性分泌物；如淋菌侵入黏膜下層，則黏膜多糜爛；如成慢性，可形成潰瘍和息肉。
肛門直腸淋病的癥狀為肛門內灼痛，排便時加重，并有里急后重感和大量黃白色帶臭味的稀淡分泌物自肛門流出，有時帶有血絲。肛門部皮膚常有糜爛及裂口，使患者感覺疼痛。全身可能有體溫升高、脈搏增快和周身不適。
根據淋病史、臨床表現和分泌物內找到淋菌，即可做出明確診斷。治療上急性期不宜作腸鏡檢查以免刺激直腸。患者需臥床休息，應用敏感廣譜抗生素。肛門部熱敷或坐浴，如有膿腫宜早切開。
