有意義菌尿是指徑直接取得(膀胱穿刺)的膀胱尿證實有細菌繁殖(不管計數多少)或取中段尿培養計數大于105/ml。當有尿路梗阻、頻繁排尿，標本采取不當以及使用抗生素時均可影響培養結果。但如連續3次均得到相同的結果時，其診斷價值將從單次的80%增加到95%以上。尿菌定量培養結果評定標準是尿含菌數大于105/ml為陽性，小于104/ml為污染，介于104～105/ml之間需復查或結合臨床綜合考慮作出診斷。但球菌繁殖速度較慢，尿含菌數達103～104/ml，已有診斷意義。根據臨床需要，除作普通菌培養外，高度懷疑原漿型菌株可作高滲培養，這可提高L型菌株培養陽性率。對多次尿普通菌培養陽性的慢性腎盂腎炎的診斷有重要意義。L型細菌是沒有固體細胞壁的細菌。細菌接觸到損傷其表面的物質，如抗生素或抗體-補體-溶菌酶后可轉變成L-型細菌。腎髓質的高張力狀態有利于其存活。L-型細菌毒力較低，轉為正常細菌后毒力可恢復正常。必要時尚可作厭氧菌培養，真菌培養。培養陽性時應作藥物敏感試驗，以指導臨床選擇抗菌藥物，不離心尿若直接鏡檢發現每個高倍鏡下有1個細菌，對判斷有意義菌尿也有100%的特異性和78%的敏感性。本法簡便，陽性率高，并可確定是桿菌抑或球菌，是革蘭陽性抑或陰性，這對及時選用有效藥物治療很有參考價值。
尿液標本留取的方法直接影響診斷的準確性，晨起第1次中段尿仍有首選方法，其次為導尿法和恥骨上膀胱穿刺取尿，但40%～60%的老年人存有輕重不一的尿失禁，可采用外套管收集標本，該方法與導尿法比較有100%的敏感性和94%的特異性。標本留取后不立即培養時應置入冰箱保存。尿標本在室溫放置2h以上細菌即可增殖。