IBS的病因和發病機制尚未完全闡明。其主要的病理生理基礎是胃腸動力紊亂和內臟感覺異常。引起這些變化的原因不清,近年來已注意到腸道急性感染后可引起IBS。另外心理社會因素與IBS的發病也有密切關系。因此,IBS可能是由于某些生物-心理-社會因素共同作用的結果,而非單一因素。