1.一般治療 對慢性腎盂腎炎，首要的是尋找并去除導致發病的易感因素，尤其是解除尿流不暢、尿路梗阻，糾正腎和尿路畸形，提高機體免疫功能等。必須指出，只有找出并去除了存在的易感因素后，才能徹底有效治療而不再發。多飲水，勤排尿，增加營養等非常重要。
2.抗菌藥物治療 慢性期選用的抗菌藥物與急性腎盂腎炎相似，但治療較急性期困難，一旦處理不當，不僅療效不佳，且易引起腎功能受損而影響預后。慢性腎盂腎炎的抗菌治療擇優方案為：①常需2類藥物聯合應用，必要時中西醫結合治療。②療程宜適當延長，通常治療2～4周。若無效或復查中再發，可選用敏感藥物分2～4組，輪換應用，每組藥用1個療程，療程畢停藥3～5天，共2～4個月。如上述長程抗菌治療仍無效或常再發者，可采取低劑量長期抑菌治療。臨床常用磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲基異惡唑)、呋喃妥因、頭孢氨芐(頭孢立新)、阿莫西林(羥氨芐西林)、諾氟沙星(氟哌酸)等任一種藥1次劑量，于每晚排尿后入眠前服用，可長達6～12個月，多可防止再發，對重新感染引起再發的慢性腎盂腎炎更為有效。③抗菌治療的同時，特別在療效不佳或頻頻再發時，必須尋找并去除易感因素。④急性發作期的用藥同急性腎盂腎炎。
復發者多在前次發病用抗菌藥物治療停止后6周內再發，其實質是上次治療失敗，故應另換敏感藥物或改變治療途徑、方法和療程等。重新感染則多在前次治療停藥6周后再發，常與機體免疫功能低下有關，在調整藥物治療同時，需增強免疫功能。
隱匿型慢性腎盂腎炎雖無臨術癥狀，但細菌尿卻持續存在，腎內炎癥及腎功能損害也可能發生，尤其對孕婦、幼兒、尿路畸形和糖尿病患者，更應做抗菌治療，以保持尿無菌狀態。一般可選用前述藥物1種治療10～14天，無效或再發可調整用藥再治，若仍無效或再發則可用長期低劑量抑菌治療。