糖原累積病Ⅰ型和Ⅱ型都與基因突變有關,呈常染色體隱性遺傳。
糖原累積病Ⅰ型是由于葡萄糖-6-磷酸酶系統缺陷所致,其中Ⅰa型是由編碼葡萄糖-6-磷酸酶的G6PC基因突變引起,糖原累積病Ⅰb型是由編碼葡萄糖-6-磷酸轉移酶的SLC37A4基因突變引起。
糖原累積病Ⅱ型是由編碼酸性-α-葡糖苷酶的GAA基因突變引起。