突變方法鑒定突變功能殘基：定點突變引起的結構變化可以通過在蛋白質中引進另外一種突變來檢測。這種多重突變中單一突變是有加和性的，偏離這個規則說明殘基問的相互作用引起構象的變化。隨機突變、刪除分析以及連接片段掃描突變等實驗方法可用于鑒定功能殘基。隨機突變技術分析蛋白質功能的優勢在于通過簡單的方法就可產生突變體，但必須進行大數目的突變產生大量可解釋的數據，因為隨機突變對于突變沒有加以控制。刪除分析及連接片段掃描突變涉及在整個基因位置刪除或插入少量的核苷酸，此類突變可以很容易通過重組DNA技術構建。這兩種技術已經非常成功地用于確定在基因調控區域的DNA序列單元，這些方法也可用于蛋白質的分析。