潛伏期5～14天，雙眼患病，多發生于兒童或少期。輕的沙眼可以完全無自覺癥狀或僅有輕微的刺癢，異物感和小量分泌物，重者因后遺癥和并發癥累及角膜，有怕光、流淚、疼痛等刺激癥狀，自覺視力減退。
沙眼衣原體主要侵犯瞼結膜，最后以瘢痕形成而告終。檢查時其特征如下：
1、血及血管模糊：由于血管擴張，結膜上皮下有彌漫性的淋巴細胞及漿細胞等慢性炎細胞浸潤，使透明的結膜變得混濁肥厚，血管輪廓不清，呈一片模糊充血狀。
2、乳頭肥大：瞼結膜面粗糙不平，呈現無數的線絨狀小點，是由擴張的毛細血管網和上皮增殖而成。
3、濾光增生：是結膜上皮下組織在彌漫性浸潤的基礎上，由局限的淋巴細胞聚集而成。初發時，上瞼結膜出現散在細致的黃白色小點，不突出于結膜表面，夾雜在肥大的乳頭之間，為沙眼早期診斷依據之一。
4、角膜血管翳：在結膜發生病變的同時，首先角膜上緣的半月形灰白區血管網充血，發生新生血管，伸入透明的角膜上皮與前彈力層之間，各新生血管之間伴有灰白色點狀浸潤，是角膜上皮對沙眼衣原體的一種組織反應，稱為角膜血管翳。它是沙眼早期診斷的依據之一。隨病情進展，血管翳成排向瞳孔區懸垂下來，形似垂簾，當上方血管翳向下越過瞳孔區時，角膜其他方向亦都長出血管翳向中央進行，布滿整個角膜。細胞浸潤嚴重時，可形成肥厚的肉樣血管翳。(pannuscrassus)，嚴重影響視力。
5、瘢痕形成：當沙眼進行數年甚至數十年，所有炎性病變如濾泡、乳頭，將發生破潰或壞死，而逐漸被結締組織所代替，形成瘢痕，這標志著病變已進入退行期。沙眼的病程，因感染輕重和是否反復感染有所不同。輕者或無反復感染者，數月可愈，結膜遺留薄瘢或無明顯瘢痕。反復感染者，病程可纏綿數年至數十年之久。
潛伏期約為5～12日。通常侵犯雙眼。多發生于兒童少年時期。
1、癥狀
多為急性發病，病人有異物感、畏光、流淚，很多粘液或粘液性分泌物。數周后急性癥狀消退，進入慢性期，此時可無任何不適或僅覺眼易疲勞。如于此時治愈或自愈，可不留瘢痕。但在慢性病程中，于流行地區，常有重復感染，病情加重。角膜上有活動性血管翳時，刺激癥狀變為顯著，視力減退。晚期常因后遺癥，如瞼內翻、倒睫、角膜潰瘍及眼球干燥等，癥狀更為明顯，并嚴重影響視力，甚至失明。
2、體征
⑴急性沙眼：呈現急性濾泡結膜炎癥狀，瞼紅腫，結膜高度充血，因乳頭增生瞼結膜粗糙不平，上下穹隆部結膜滿面濾泡，合并有彌漫性角膜上皮炎及耳前淋巴結腫大。數周后急性炎癥消退，轉為慢性期。
⑵慢性沙眼：可因反復感染，病程遷延數年至十多年。充血程度雖減輕，但與皮下組織有彌漫性細胞浸潤，結膜顯污穢肥厚，同時有乳頭增生及濾泡形成(圖1)，濾泡大小不等，可顯膠樣，病變以上穹隆及瞼板上緣結膜顯著。同樣病變亦見于下瞼結膜及下穹隆結膜，嚴重者甚至可侵及半月皺壁。角膜血管翳：它是由角膜緣外正常的毛細血管網，越過角膜緣進入透明角膜，影響視力，并逐漸向瞳孔區發展，伴有細胞浸潤及發展為淺的小潰瘍，痊愈后可形成角膜小面。細胞浸潤嚴重時可形成肥厚的肉樣血管翳(pannuscrassus)。