腸粘膜細胞破壞，產生糜爛及淺表潰瘍。如病變繼續進展，病灶變深，累及粘膜下層，則形成典型的口小底大的燒瓶樣潰瘍，其基底為粘膜層，腔內充滿棕黃色壞死物質，內含溶解的細胞碎片、粘液和滋劑體，內容物排出時即產生臨床上的痢疾樣便。潰瘍間的粘膜大多完整，和細菌性痢疾的病變不同。阿米巴繼續向粘膜下層進展，因組織較疏松，故原蟲順腸長軸向兩側擴展，使大量組織溶解而形成許多瘺道相通的蜂窩狀區域。病灶周圍炎性反應甚多，一般僅限于淋巴細胞和少許漿細胞的浸潤，如有繼發細菌感染則可有大量中性粒細胞浸潤。病變部位易出現毛細血管血栓形成、瘀點性出血以及壞死，由于小血管的破壞，故排出物中含紅細胞較多。嚴重病例的病變可深達、甚至穿破漿膜層，但因病變的發展系漸進性，漿膜層易與鄰近組織發生粘連，故急性腸穿也機會不多。由于阿米巴潰瘍一般較深，易腐蝕血管，可以引起大量腸出血，在病變的愈合過程中組織反應消退，淋巴細胞消失而代以結締組織。