根據甲基營養菌對含碳化合物的利用功能,一般將它們分為兩個亞群:專性甲基營養菌(都能利用甲烷進行生長,其他物質如甲醇和二甲醚僅起維持生長的作用)和兼性甲基營養菌(能夠利用包括一碳甲基化合物在內的許多碳源進行生長)。由于這類細菌能夠將自然界取之不盡的一碳化合物變為菌體蛋白質,因此深入研究甲基營養菌的代謝具有很大的實際意義。