臨床上,沙眼衣原體感染常與淋球菌感染有緊密聯系。這兩種病原體均可引起男性尿道炎、附睪炎、直腸炎,女性宮頸炎、尿道炎、盆腔炎等,它們引起的疾病,其臨床癥狀和體征差別不大,因此單憑臨床觀察是不易區分的。而且沙眼衣原體和淋球菌可合并感染。準確的鑒別診斷有賴于實驗室檢查。在臨床實踐中,常對確定為淋球菌感染者,無論是否檢查沙眼衣原體感染,均常規給予抗淋球菌和沙眼衣原體兩種病原體的治療。