舌下腺囊腫需與口底皮樣囊腫、頜下區囊性水瘤以及口底血管畸形相鑒別。
1、涎腺黏液囊腫診斷—口底皮樣囊腫 位于口底正中，呈圓形或卵圓形，邊界清楚，表面黏膜及囊壁厚，囊腔內含半固體狀皮脂性分泌物。因此，捫診有面團樣柔韌感，無波動感，可有壓迫性凹陷。腫物表面顏色與口底黏膜相似而非淺紫色。
2、涎腺黏液囊腫診斷—頜下區囊性水瘤 常見于嬰幼兒，穿刺檢查見囊腔內容物稀薄，無黏液，淡黃清亮，涂片鏡檢可見淋巴細胞。
3、涎腺黏液囊腫診斷—口底血管畸形 口底和(或)頜下區腫脹，口底黏膜呈淺紫藍色，頗似舌下腺囊腫。無腫塊破裂后消退史，穿刺抽出血液。