衣原體(chlamydia)包括沙眼衣原體(C.trachomatis)、鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)和肺炎衣原體(C.pneumonia)3種。沙眼衣原體又分為沙眼、性病淋巴肉芽腫(lymphogranuloma venereum，LGV)和鼠生物變種3個生物變種。沙眼衣原體生物變種有A-K18個血清型，其中A、B、Ba、C引起沙眼，D-K型引起泌尿生殖道感染，如包涵體結膜炎、非淋菌性尿道炎、宮頸炎、輸卵管炎、附睪炎、直腸炎、新生兒肺炎和中耳炎等。衣原體性泌尿生殖道炎是目前世界最多的性病之一。性病淋巴肉芽腫變種有L1、L2、L2a、L3 4個血清型，可引起性病淋巴肉芽腫。鼠生物變種不引起人的疾病。鸚鵡熱衣原體和肺炎衣原體引起呼吸道感染，特別是肺炎。