1.病原學檢測
（1）涂片檢測衣原體包涵體 是最常用的篩選方法，可用于高危人群的篩選。
（2）細胞培養法 認為是檢測沙眼衣原體的金標準，但費時，且要求一定的設備技術條件。
2.分子生物學方法
原位雜交法檢測宮頸或直腸活檢標本中沙眼衣原體DNA，亦可用PCR法檢測，可明顯提高檢測敏感性，且可用于鑒定其種及血清型，可用于診斷，療效判斷及流行病學調研。
PCR法可用于診斷和治療后療效的評價，但須注意在停藥后療效隨訪時，發現有的用直接免疫熒光法查抗原已為陰性，但PCR法仍為陽性，可能為殘留部分病原DNA于體內，不表示有病原體存在。