柱溫選擇對分離度影響很大，常是條件選擇的關鍵。選擇的基本原則是：在使最難分離的組分有盡可能好的分離高度的前提下，盡可能采取較低溫度，但以保留時間適宜及不拖尾為度。
①高沸點混合物（200℃～400℃），若需在較低的柱溫下分析，可采用低固定液配比1%～3%，采用高靈敏檢測器，柱溫可比沸點低100℃～150℃，在200℃～250℃的柱溫下分析。
②沸點<300℃的樣品，可用3%～25%固定液配比。沸點越低，所用配比越高，柱溫可比平均沸點低50℃至平均沸點的范圍選擇。
