核酸疫苗的發展史真正開始于20世紀90年代。
在過去的20世紀中，疫苗研究取得了巨大成功，它是繼柯赫、巴斯德等人的科學突破而迅速發展起來的，經歷了一個由“期盼”到“實現”這樣一個偉大的歷史轉變過程。疫苗免疫接種所經過的第一次重大變革是由Pasteur等研制開發的減毒或滅活的疫苗，第二次是使用完整生物體的天然成分即亞單位疫苗。它們雖然在一定程度上提高了免疫效應，但安全性不夠，尤其是對免疫功能低下患者的風險較大。為此，人們進行了大量的試驗。
1990年wolff等偶然發現給小鼠肌肉注射外源性重組質粒后，質粒被攝取并能在體內至少兩個月穩定地表達所編碼蛋白。
1991年Williams等發現外源基因輸入體內的表達產物可誘導產生免疫應答。
1992年Tang等將表達人生長激素的基因質粒DNA導入小鼠皮內，小鼠產生特異性抗體，從而提出了基因免疫的概念。
1993年Ulmer等證實小鼠肌肉注射含有編碼甲型流感病毒核蛋白（NP）的重組質粒后，可有效地保護小鼠抗不同亞型、分離時間相隔34年的流感病毒的攻擊。隨后的大量動物實驗都說明在合適的條件下，DNA接種后既能產生細胞免疫又能引起體液免疫。因此，1994年在日內瓦召開的專題會議上將這種疫苗定名為核酸疫苗。
核酸疫苗的出現與發展是疫苗發展史上的第三次革命。