乙肝病毒很難被徹底消滅。無論是干擾素還是核苷酸類似物都只能抑制乙肝病毒的復制，短期治療（≤1年）停藥后，患者的HBV DNA水平都會出現大幅度反彈，這就證明了乙肝治療需要“長治”才能“久安”；在做到長期治療的同時，規范用藥也不容忽視。甚至耐藥，導致疾病進展。因此，在治療期間一定要做到長期用藥、規范用藥。
1、療效
判斷抗病毒治療的療效要看它是否能夠減少肝硬化和肝癌的發生，4種口服抗病毒藥物在抑制乙肝病毒復制和e抗原轉陰上的效果都不錯，但只有拉米夫定有超過10年的延緩疾病進展、減少肝硬化使肝癌發生的臨床數據。研究顯示拉米夫定抗病毒治療3年能夠使肝硬化的發生率降低55%，肝癌的發生率降低51%；拉米夫定10年隨訪數據證實：75%的肝纖維化患者達到了組織學改善，其中18.8%患者的肝纖維化被完全逆轉。可見，只有長期治療療效好的藥物才能使患者最大程度的獲益。患者在選擇抗病毒藥物時更需關注長期的治療效果。
2、副作用
因應用核苷（酸）類似物的乙型肝炎患者須接受長期治療，甚至終身治療。該類藥物引起的不良反應亦受到廣泛關注。動物實驗中的致實體瘤的風險困擾著醫生和患者。而應用核苷（酸）類似物引起的不良反應的文獻報道如肌病、腎毒性、周圍神經病、乳酸酸中毒等更是關注的焦點。這些由藥物引起的副作用一旦出現卻沒有及時采取措施，很有可能危及生命。因此，高度重視口服抗病毒藥物的安全性，定期檢測CK等指標，對堅持長期治療起著積極的作用。比較4種口服抗病毒藥物，其中拉米夫定已上市十年，是用于治療慢乙肝的口服抗病毒類藥物中上市最早的藥物，適用人群最廣，安全性好。