1.病史調查
了解患兒在出生前其母在妊娠期間有無風疹感染、巨細胞病毒感染等，是否服過可能致畸的藥物。
2.發病年齡
患兒最早出現感染癥狀的時間，感染次數，如腹瀉、皮膚上的膿性斑點等，發育緩慢的時間，嬰兒出生后6個月的前后比較。
3.家族史
免疫缺陷病兒如沒有致畸因素，常伴有家族病史。有的是伴性染色體遺傳，若其母系中有此病患者，則對診斷有助。有的是常染色體隱性遺傳。
4.實驗室檢查
（1）X性連鎖無丙種球蛋白血癥
血清與組織各類免疫球蛋白明顯降低。IgG<2g/L。周圍血淋巴細胞正常，但幾乎全為T淋巴細胞，B細胞缺如或減少。用抗原刺激不能引起明顯的抗體反應，細胞免疫功能一般完善，淋巴結、肝臟、扁桃體和腸道相關淋巴組織生發中心發育不良，漿細胞缺如或罕見。
（2）常見變異型免疫缺陷病
主要為血清中免疫球蛋白總量減少，IgG減少，IgA、IgM缺如或減少，CD4/CD8比率降低。對有絲分裂原反應正常，但對植物血凝素反應減弱。
（3）選擇性IgA缺乏癥
血清與分泌型IgA水平顯著降低，少數病人IgE和IgG也減低。周圍血B細胞計數正常。血中存在多種自身抗體，如抗LgA抗體、抗甲狀腺球蛋白抗體、抗胃壁細胞抗體、抗平滑肌抗體、抗膠原和食物抗原的抗體、抗牛血清蛋白抗體增高。肺部感染者可有X線及肺功能異常。
（4）嬰兒暫時性低丙球蛋白血癥
血清IgA、IgM可正常，IgG降低，IgD和IgE也減低。周圍血淋巴細胞計數正常。T輔助細胞可能減少，淋巴結及腸活檢正常。