HEV是單股正鏈RNA病毒，呈球形、直徑27～34nm無囊膜，核衣殼呈二十面體立體對稱。尚不能在體外組織培養，但黑猩猩、食蟹猴、恒河猴、非洲綠猴、須狨猴對HEV敏感，可用于分離病毒。
HEV在堿性環境中穩定，有鎂、錳離子存在情況下可保持其完整性，對高熱敏感，煮沸可將其滅活。
HEV基因組長 7.6kb，3′端有poly A尾，有3個開放閱讀讀框（ORF）：
ORF1位于5′端（約 2kb）是非結構蛋白基因，含依賴RNA的RNA多聚酶序列；
ORF2位于3′端（約 2kb）是結構蛋白的主要部分，可編碼核衣殼蛋白；
ORF3與ORF1和ORF2有重疊（全長369bp），也是病毒結構蛋白基因，可編碼病毒特異性免疫反應抗原。