常見并發癥為菌血癥、膽石癥及膽管癌。
1.菌血癥
可反復發生，可能繼發于慢性膽道感染或血行細菌播散，患者并發菌血癥的頻率及嚴重性難以估計，可能導致肝膿腫或其他器官（如心瓣膜）的感染。
2.膽石癥
約1/3的患者在疾病過程的某階段有膽囊切除術史，其中約20%是無癥狀的膽囊結石。
3.膽管癌
尸解報告顯示50%在病理基礎上發生膽管癌變。膽管癌者通常伴有肝硬化、門脈高壓及長病程的潰瘍性結腸炎（UC）。通常年齡較大且有膽管造影進展性改變，如膽管囊性擴張，提示膽管癌發生。需經活檢或手術予以確診。
