（1）抗感染藥物應用原則急性水樣瀉患者，排除霍亂后，多為病毒性或產腸毒素性細菌感染，不應常規使用抗菌藥物；輕、中度腹瀉一般不用抗菌藥物。以下情況考慮使用抗感染藥物：①發熱伴有黏液膿血便的急性腹瀉；②持續的志賀菌、沙門菌、彎曲菌感染或原蟲感染；③感染發生在老年人、免疫功能低下者、敗血癥或有假體患者；④中、重度的旅行者腹瀉患者。
（2）抗菌藥物的選擇應用抗菌藥物前應首先行糞便細菌培養和藥敏，若無結果，則行經驗性抗菌治療。喹諾酮類藥物為首選抗菌藥物，復方磺胺甲惡唑為次選。鑒于細菌對喹諾酮類耐藥情況越來越嚴重，，對于嚴重感染者，以及免疫功能低下者的腹瀉，在獲得細菌培養結果并對大環內酯類類敏感的患者，可以考慮使阿奇霉素。如48h后病情未見好轉，則考慮更換其他抗菌藥物。利福昔明是一種廣譜、不被腸道吸收的抗菌藥物，亦可選用。CDI的治療：甲硝唑是輕中型CDI治療的首選藥物，對于重型CDI，或甲硝唑治療5～7天失敗的患者應改為萬古霉素治療。
（3）病毒性腹瀉的病原學治療一般不用抗病毒藥物和抗菌藥物。硝唑尼特對病毒性腹瀉有一定治療作用。
（4）急性寄生蟲感染性腹瀉的治療①賈第蟲病，可使用替硝唑或甲硝唑；②急性溶組織內阿米巴腸病，使用甲硝唑或替硝唑，隨后加用巴龍霉素或二氯尼特；③隱孢子蟲病，使用螺旋霉素。