心肌炎在國際上無統一的診斷標準，多采用結合臨床、實驗室檢查和其他相關輔助檢查來確診。2013年歐洲心臟病年會(ESC)首次提出臨床擬診心肌炎的標準：
臨床表現
1）急性胸痛；
2）數天至3個月新發生的心衰或心衰癥狀；
3）心悸，無明顯誘因的心律失常、暈厥或心源性猝死；
4）不能解釋的心源性休克；
輔助檢查
1）心電圖改變：ST-T改變、房室傳導阻滯、異常Q波、室上性心動過速等；
2）心肌損傷標志物：肌鈣蛋白I或T升高；
3）影像學檢查(超聲心動圖或心臟磁共振)示心臟結構和功能異常；
4）心臟磁共振證實心肌組織學的特征：T2WI示心肌水腫和(或)心肌延遲強化掃描呈強化信號。
5）疑似心肌炎的診斷標準：有≥1個臨床表現并有輔助檢查≥1項輔助檢查異常者；若無臨床癥狀，則需符合≥2項輔助檢查異常者；同時均應排除其他疾病。臨床疑似心肌炎患者建議入院進一步觀察及檢查，心內膜心肌組織活檢確定診斷。
急性心肌炎的診斷
排除性診斷，在排除病因、誘因后，具備下列情況之一：
1）不能解釋的肌鈣蛋白升高；
2）心電圖示急性心肌損傷；
3）超聲心動圖或磁共振(MRI)示心臟功能正常。
4）無癥狀患者歸為亞急性心肌炎。
5）符合亞急性心肌炎的標準并伴急性心力衰竭、胸痛、暈厥先兆或暈厥、心包炎，則診斷急性心肌炎。
6）組織學檢查顯示為心肌炎，無論是否有癥狀，均可確診。