巴西芽生菌病由副球孢子菌引起，副球孢子菌又名巴西副球孢子菌，或巴西芽生菌，培養為雙相型，真菌學分類為有絲孢菌，屬于子囊菌門-爪甲團囊菌目-爪甲團囊菌科。在37℃培養為酵母樣菌落，在溫室培養則為絲球狀菌落，實驗室中可使菌型相互轉化，自然界尚未分離出此菌。
本菌為自然界腐生菌，可能經呼吸道、消化道以及皮膚黏膜損傷處進入人體引起感染。自然存在于土壤及木材中，主要分布在中、南部美洲。本菌生態環境尚不明確，但一般多為農業地區，且與接近水源、空氣濕度較大有關。近來還有副球孢子菌感染以眼瞼、下肢主動脈為首發，且是唯一癥狀的報告。近來認為本菌的多發芽生孢子很像球孢子菌破裂后的內生孢子，故一般均稱為副球孢子菌。