屎腸球菌為圓形或橢圓形，呈單個、成對或短鏈狀排列的革蘭氏陽性球菌，無芽孢、無鞭毛，為需氧或兼性厭氧菌，油鏡下觀察屎腸球菌菌體多單生，對生和鏈狀較少。屎腸球菌對營養要求較高，在血平板上經37℃培養18h后，可形成灰白色、不透明、表面光滑、直徑0.5～1mm大小的圓形菌落，無溶血現象出現，在YPD和MRS培養基中均能迅速生長。屎腸球菌具有很好的抗逆性，可在10～45℃、pH4.5～9.6、6.5%NaCl溶液、40%膽汁鹽環境中生長；精氨酸產氨，不分解鼠李糖、松三糖和山梨醇，能分解蔗糖、蜜二糖、乳糖、麥芽糖和棉籽糖；一般對慶大霉素、卡那霉素、多粘菌素和鏈霉素不敏感，對青霉素、紅霉素、萬古霉素和阿莫西林較為敏感。