小兒衣原體肺炎可散發,可流行。潛伏期6~14天。沙眼衣原體肺炎主要在新生兒及小嬰兒發病,由感染的母親直接傳染;鸚鵡熱衣原體肺炎為人通過接觸受感染的鳥類或吸入受其分泌物及糞便污染的塵埃而發生肺部感染。肺炎衣原體通過呼吸道進入人體,在單核細胞內繁殖并釋放毒素,經血流播散至肺及全身組織。