本病病程大多2~3周。多數患兒完全恢復。不良預后與病變嚴重程度、病毒種類(單純皰疹病毒感染)、患兒年齡(<2歲)相關。臨床病情重、全腦彌漫性病變者預后差,往往遺留有驚厥及智力、運動、心理行為、視力或聽力殘疾。