一般根據贅生物生長部位、臨床表現，尖銳濕疣的診斷并不困難，一般與下列疾病鑒別診斷要點：
1、假性濕疣主要發生在女性小陰唇內側和陰道前庭，對稱分布，一般為白色或者淡紅色小丘疹，少數呈息肉狀，病理檢查可與尖銳濕疣相鑒別。
2、扁平濕疣屬二期梅毒，有時其外形與尖銳濕疣相似，但是梅毒血清實驗呈強陽性。
3、生殖器鱗狀細胞癌孕期尖銳濕疣可迅速長大，甚至發生糜爛、滲液，易與鱗狀細胞癌混淆。但是后者多見于40歲以上患者，且病損堅硬，易出血，病理檢查顯示由不同比例的間變鱗狀細胞構成。
