為進一步明確是否有腦膿腫和膿腫的性質及部位，輔助檢查是不可缺少的。隨著診療技術的發展，檢查方式也不斷更新，如腦電圖、腦超聲檢查、腦室造影、膿腔造影、腦血管造影、放射性核素等對腦膿腫的診斷已極少使用，目前主要依靠CT掃描或MRI掃描檢查，但腰椎穿刺和頭顱X線拍片對某些部位病變的檢查仍有重要的診斷意義。
（1）X線平片如耳源性膿腫可發現顳骨巖部骨質破壞、鼓室蓋和乳突小房模糊或消失。鼻源性腦膿腫可有額竇、篩竇、上頜竇等充氣不良或液氣面存在，甚至骨質破壞。外傷性腦膿腫可發現顱骨骨折碎片、顱內金屬異物。顱骨骨髓炎引起的腦膿腫，可發現顱骨有骨髓炎的改變。個別病例可見膿腫包膜鈣化，小兒慢性腦膿腫可有顱骨骨縫裂開，骨板變薄，成人偶有蝶鞍擴大，后床突及鞍背吸收等顱內壓增高征的改變。
（2）顱腦CT掃描CT問世前腦膿腫早期診斷較困難。自臨床上應用CT檢查后，腦膿腫的診斷變得容易而又準確，其死亡率也明顯下降。
腦膿腫的CT表現根據病變發展階段而不同。在急性腦炎期，病灶呈邊緣模糊的低密度區，有占位效應，增強掃描低密度區不發生強化。膿腫形成后初期仍表現為低密度占位性病灶，但增強掃描在低密度周圍可呈輕度強化，表現為完整的不規則的淺淡環狀強化。膿腫壁完全形成后，其低密度邊緣密度較高，少數可顯示膿腫壁，增強掃描可見完整、厚度均一的環狀強化，周圍有明顯不規則的腦水腫和占位效應，低密度區為壞死腦組織和膿液，如產氣桿菌感染，可呈現氣體與液平面，如為多房性，低密度區內可呈現一個或多個間隔。據臨床和實驗研究證明，CT所示膿腫環征，并不一定表示病理上的膿腫包膜。有研究發現出現腦炎第3天后即可出現環狀增強征，這與炎癥累及血-腦脊液屏障、炎癥周圍新生血管形成并和血管周圍炎癥細胞浸潤等有關。從發病到膿腫初步形成需10～14天，完全成熟需6周。少數膿腫也可與腦炎期相混淆，故臨床上對腦膿腫的診斷不能盲目完全依靠CT，還需結合病史和其他檢查，全面考慮，以做出準確的客觀診斷，但絕大多數的腦膿腫可根據CT掃描明確膿腫的部位、大小、形態、單房或多房、單發或多發等性質，CT掃描不僅有助于診斷，還有助于選擇手術的時機和確定治療方案，同時還可對治療效果進行追蹤觀察。
（3）顱腦MRI檢查是繼CT掃描后出現的又一新的檢查方法。按腦膿腫形成的時間不同，表現也不同。急性腦炎期，僅表現為腦內不規則邊界模糊的長T1、長T2信號影，有占位征，此期須與膠質瘤和轉移瘤相鑒別。增強掃描比CT掃描更能早期顯示腦炎期。當包膜形成完整后，T1顯示高信號影，有時尚可見到圓形點狀血管流空影。通常注射Gd-DTPA后5～15分鐘即可出現異常對比增強。延遲掃描增強度可向外進一步擴大，為膿腫周圍血-腦脊液屏障的破壞。