1.白血病
慢性骨髓白血病與慢性淋巴性白血病的患者大都是成人，有脾腫大、貧血以及鼻衄和齒齦出血等癥狀，很象利什曼病，經血常規檢查即可鑒別，
2.莢膜組織胞漿菌病
病原體為莢膜組織胞漿菌，近年來該病在我國的湖北、四川、廣西、浙江、江蘇和云南等省均有查見。播散性莢膜組織胞漿菌病的患者肝、脾腫大，貧血以及白細胞和血小板減少，從病人的骨髓、脾或淋巴結抽出物中見到的病原體也極易與利什曼原蟲相混淆，每多誤診為利什曼病。但該病的病原體內部結構與利什曼原蟲不同，也看不到動基體的構造；患者ICT檢測呈陰性，可用組織胞漿菌素作皮內試驗以及真菌培養的方法確定診斷。
3.班替氏綜合征
此病的病程可分三期，初期僅有貧血和脾腫，中間期肝脾亦增大，且多惡心及腹瀉等癥狀，晚期可發生肝硬化的癥狀，如嘔血、腹水、消瘦以及胸腹部靜脈怒張。患者大都是成年人，嬰幼兒少見。該病除并發其他疾病或至晚期，患者一般情況良好，食欲正常，無發熱等其他不適，球蛋白的增加并不顯著，病程很長，可能維持10～20年，與利什曼病不難鑒別。
皮膚型利什曼病應與瘤型麻風鑒別。皮膚刮片檢查尋找抗酸菌和利什曼原蟲可確定診斷。
皮膚型利什曼病還應與皮膚利什曼病鑒別。舊大陸的皮膚利什曼病是由數種嗜皮膚的利什曼原蟲感染所致的單純性皮膚損害，患者無利什曼病史。皮損在發展過程中可產生潰瘍，絕大多數患者的病程較短，潰瘍大都在一年左右即自行愈合。而皮膚型利什曼病的皮膚損害不發生潰瘍，病程頗長，如不予治療，皮膚損害不會自行消失。