按其發展及成像構造分類：可大體分為3大類：硬管式內鏡、光學纖維（軟管式）內鏡和電子內鏡。
按其功能分類：
1、用于消化道的內鏡：硬管式食道鏡；纖維食道鏡；電子食道鏡；超聲電子食道鏡、纖維胃鏡、電子胃鏡、超聲電子胃鏡、纖維十二指腸鏡、電子十二指腸鏡、纖維小腸鏡、電子小腸鏡、纖維結腸鏡、電子結腸鏡、纖維乙狀結腸鏡和直腸鏡。
2、用于呼吸系統的內鏡：硬管式喉鏡、纖維喉鏡、電子喉鏡、纖維支氣管鏡、電子支氣管鏡、胸腔鏡和縱隔鏡。
3、用于腹膜腔的內鏡：有硬管式、光學纖維式、電子手術式腹腔鏡。
4、用于膽道的內鏡：硬管式膽道鏡、纖維膽道鏡、電子膽道鏡、和子母式膽道鏡。
5、用于泌尿系的內鏡：⑴膀胱鏡：可分為檢查用膀胱鏡、輸尿管插管用膀胱鏡、手術用膀胱鏡、示教用膀胱鏡、攝影用膀胱鏡、小兒膀胱鏡和女性膀胱鏡。⑵輸尿管鏡。⑶腎鏡。
6、用于婦科的內鏡：陰道鏡和宮腔鏡。
7、用于血管的內鏡：血管內腔鏡。
8、用于關節的內鏡：關節腔鏡。