由于咳嗽是許多疾病的一種非特異性癥狀，臨床上進行確診時必須詳細詢問病史、全面查體、做胸部X線或CT、氣道反應性測定、肺功能、心電圖、纖維支氣管鏡及一些特殊檢查以排除一些可以引起慢性、頑固性咳嗽的其它疾病。
許多疾病伴有咳嗽癥狀，需要與咳嗽變異性哮喘鑒別的疾病包括肺炎、毛細支氣管炎、上呼吸道感染、反復呼吸道感染（recurrentrespiratorytractinfections，RRTI)、兒童哮喘、胃食道返流誘發的咳嗽、后鼻孔滴漏綜合癥（PNDS）、支氣管內膜結核等誘發的咳嗽等，這些疾病是慢性咳嗽常見病因，在診斷咳嗽變異性哮喘時需要仔細排除這些疾病。